Nel 1944 Lucia mise finalmente per iscritto la terza parte del segreto di Fatima. Il documento, inviato in Vaticano, letto da tutti i Papi e da pochissimi altri stretti collaboratori, e che secondo le indicazioni di Lucia avrebbe dovuto essere reso pubblico nel 1960, è stato divulgato solo il 26 giugno 2000. Durante questa lunghissima attesa, erano state avanzate molte ipotesi sul suo contenuto, per lo più catastrofiste, come quelle contenute nel testo pubblicato il 15 ottobre 1963 sul bimensile "Neues Europa", di Stoccarda.
La terza parte del messaggio di Fatima è un documento di poche righe, scritto a mano da suor Lucia a Tuy il 3 gennaio 1944. Secondo le dichiarazioni del Vaticano, esso fu racchiuso in una busta sigillata consegnata al Vescovo di Leira e da lui custodita fino al 1957, quando venne inviata all'Archivio Segreto del Sant'Uffizio. Sia Papa Giovanni XXIII che i suoi successori presero visione del documento, assieme a pochi stretti collaboratori, ma nessuno pensò di divulgarlo né di pronunciarsi pubblicamente sul suo contenuto.
Per decenni si è data a questo testo un'importanza spropositata e, sfruttando le reticenze e i presunti timori del Vaticano nel rivelarlo, si è immaginato e lasciato credere che contenesse profezie apocalittiche, mai ufficialmente smentite se non in questo ultimo periodo.
La spasmodica attesa di questa rivelazione ha contribuito a mantenere sufficientemente alto, anche fra i non credenti, l'interesse per la vicenda di Fatima e ha ispirato un'immensa produzione giornalistica e letteraria. In tutti questi anni, la Santa Sede non ha mai chiarito i veri motivi, religiosi o politici, per cui si è tardato così tanto nella divulgazione di quelle poche righe, lasciando peraltro intendere che essi fossero molto gravi. Per questo, una volta reso noto il breve messaggio, gran parte del clero, soprattutto quello portoghese, si è indispettito per avere dovuto attendere oltre 80 anni prima di conoscere quelle che sono apparse anche a loro affermazioni poco rilevanti.
E' stata contestata, in particolare, la identificazione fatta da Papa Giovanni Paolo II di sé stesso con il Vescovo (vestito di bianco) della profezia, che cadrebbe a terra colpito dai colpi scagliatigli da Alì Agca il 13 maggio 1981 in piazza San Pietro.

Il testo:
"Dopo le due parti che già ho esposto, abbiamo visto al lato sinistro di Nostra Signora un poco più in alto un Angelo con una spada di fuoco nella mano sinistra; scintillando emetteva fiamme che sembrava dovessero incendiare il mondo; ma si spegnevano al contatto dello splendore che Nostra Signora emanava dalla sua mano destra verso di lui: l'Angelo indicando la terra con la mano destra, con voce forte disse: Penitenza, Penitenza, Penitenza! E vedemmo in una luce immensa che è Dio: "qualcosa di simile a come si vedono le persone in uno specchio quando vi passano davanti" un Vescovo vestito di Bianco "abbiamo avuto il presentimento che fosse il Santo Padre". Vari altri Vescovi, Sacerdoti, religiosi e religiose salire una montagna ripida, in cima alla quale c'era una grande Croce di tronchi grezzi come se fosse di sughero con la corteccia; il Santo Padre, prima di arrivarvi, attraversò una grande città mezza in rovina e mezzo tremulo con passo vacillante, afflitto di dolore e di pena, pregava per le anime dei cadaveri che incontrava nel suo cammino; giunto alla cima del monte, prostrato in ginocchio ai piedi della grande Croce venne ucciso da un gruppo di soldati che gli spararono vari colpi di arma da fuoco e frecce, e allo stesso modo morirono gli uni dopo gli altri i Vescovi Sacerdoti, religiosi e religiose e varie persone secolari, uomini e donne di varie classi e posizioni. Sotto i due bracci della Croce c'erano due Angeli ognuno con un innaffiatoio di cristallo nella mano, nei quali raccoglievano il sangue dei Martiri e con esso irrigavano le anime che si avvicinavano a Dio".